Karaman Belediye Başkanlığı görevinden sonra Çevre ve Şehircilik Bakanlığı Bakan Müşaviri olarak atanan Ertuğrul Çalışkan, Cumhurbaşkanı Recep Tayyip Erdoğan'ın imzasıyla yayınlanan 489 sayılı karar ile asaleten Çevre Yönetimi Genel Müdürlüğü'nde Genel Müdür Yardımcısı olarak görevlendirildi. Resmi Gazete’de yayınlanan 489 sayılı karar ise şöyle; "Çevre ve Şehircilik Bakanlığında açık bulunan Çevre Yönetimi Genel Müdür Yardımcılığına, 3 sayılı Cumhurbaşkanlığı Kararnamesinin 2 ve 3'üncü maddeleri gereğince Ertuğrul Çalışkan atanmıştır”