Teşkilatlardaki temizlik çalışması ise bu genelgeden önce başlatıldı. Teşkilatlardan Sorumlu Genel Başkan Yardımcılığı il, ilçe teşkilatları ile belediye başkan ve meclis üyelerine ilişkin gözlemlerin paylaşılmasını istedi. ‘Güçlü şüphe, şüphe ve zayıf şüphe’ kriterleri doğrultusunda ağustos ayı başında teşkilatlardan raporlar alındı. Bu raporlar doğrultusunda 3 kriter içinde toplam 519 kişinin FETÖ ile ilgili olduğu belirlendi. Yerel yönetimler, kadın kolları ve gençlik kolları ana kademeleri ile belirlen isimler üzerinde detaylı bir çalışma daha yapıldı. Kişilerin bankalar, dernekler, sendikalar gibi kurum / kuruluşlarla ilişkileri sorgulandı. Bunun sonucunda da çeşitli görevlerde bulunan 100 ismin istifası istendi. Teşkilatlardan Sorumlu Genel Başkan Yardımcısı Mustafa Ataş, titiz bir çalışma yaptıklarını belirterek, “Siyaset yapıyoruz, iftiralar, doğru olmayan bilgiler, mesaj atılabiliyor. Her gelen bilgiyi doğru kabul etmiyoruz. Ama çöpe de atmak istemiyoruz. FETÖ ile aktif çalışan hiçbir kimseyi barındırmayız. AK Parti içinde FETÖ’cü var sözüne kimse inanmasın” dedi.<br /> Ataş ayrıca AK Parti içinde FETÖ temizliğinin çok daha önce başladığını söyledi. Ataş, 2014’de il ve ilçe kongreleriyle yapılan yönetim değişikliklerini, bazı teşkilatlardaki görevden almaları ve geride kalan iki seçim dönemini de temizlik dönemleri olarak belirtti.